Greve Bernhard von Wölpe flyttede i 1221 det cistercienserkloster Mariensee, som han selv havde grundlagt, til sin gård Catenhusen ved Leine.
Klosterets navn fortrængte i tiden derefter det gamle stednavn. Klosterkirken, en enskibet murstensbygning fra det 13. århundrede, blev efter reformationen sognekirke.
Den fik sin nuværende form ved en ombygning i 1860.
Klosterkonventet blev dengang omdannet til et protestantisk damekloster og er det den dag i dag.
I præstegården i Mariensee blev digteren Ludwig Christoph Hölty født i 1748. Som medlem af Göttinger Hainbund blev han kendt langt ud over grænserne af Kongeriget Hannover med sin sang »Üb immer Treu und Redlichkeit«.
I dag fungerer klosteret ikke kun som et religiøst sted, men også som et kulturelt mødested. Rundvisninger, udstillinger, koncerter og seminarer giver indblik i historien og klosterlivet.