W 1221 roku hrabia Bernhard von Wölpe przeniósł ufundowany przez siebie klasztor cystersów Mariensee do swojej posiadłości Catenhusen nad rzeką Leine.
W późniejszym okresie nazwa klasztoru wyparła dawną nazwę miejscowości. Kościół klasztorny, jednonawowa budowla z cegły z XIII wieku, po reformacji stał się kościołem parafialnym.
Swoją obecną formę uzyskał w wyniku przebudowy w 1860 roku.
Klasztor został wówczas przekształcony w ewangelicki klasztor żeński i pozostaje nim do dziś.
W plebanii w Mariensee w 1748 roku urodził się poeta Ludwig Christoph Hölty, który jako członek stowarzyszenia „Hainbund” z Getyngi zasłynął dzięki swojej pieśni „Üb immer Treu und Redlichkeit” daleko poza granicami Królestwa Hanoweru.
Obecnie klasztor pełni nie tylko funkcję miejsca kultu, ale także centrum kultury. Wycieczki z przewodnikiem, wystawy, koncerty i seminaria pozwalają poznać historię i życie klasztorne.