Greve Bernhard von Wölpe flyttet i 1221 det cistercienserklosteret Mariensee, som han selv hadde stiftet, til gården sin Catenhusen ved elven Leine.
Klosterets navn erstattet i tiden etterpå det gamle stedsnavnet. Klosterkirken, en enskips murbygning fra 1200-tallet, ble etter reformasjonen sognekirke.
Den fikk sin nåværende utforming gjennom en ombygging i 1860.
Klosteret ble den gang omgjort til et protestantisk kvinnekloster og er det fremdeles i dag.
I prestegården i Mariensee ble dikteren Ludwig Christoph Hölty født i 1748. Som medlem av «Göttinger Hainbund» ble han kjent langt utenfor grensene til kongeriket Hannover med sangen «Üb immer Treu und Redlichkeit».
I dag fungerer klosteret ikke bare som et religiøst sted, men også som et kulturelt møtested. Omvisninger, utstillinger, konserter og seminarer gir innblikk i historien og klosterlivet.