Graaf Bernhard von Wölpe verplaatste het door hem gestichte cisterciënzerklooster Mariensee in 1221 naar zijn landgoed Catenhusen aan de Leine.
De naam van het klooster verdrong in de daaropvolgende periode de oude plaatsnaam. De kloosterkerk, een bakstenen gebouw met één beuk uit de 13e eeuw, werd na de Reformatie een parochiekerk.
Door een verbouwing in 1860 kreeg ze haar huidige vorm.
Het klooster werd destijds omgevormd tot een protestants damesklooster en is dat tot op de dag van vandaag gebleven.
In de pastorie van Mariensee werd in 1748 de dichter Ludwig Christoph Hölty geboren, die als lid van de Göttinger Hainbund met zijn lied "Üb immer Treu und Redlichkeit" tot ver buiten de grenzen van het Koninkrijk Hannover bekend werd.
Tegenwoordig fungeert het klooster niet alleen als religieuze plek, maar ook als cultureel ontmoetingscentrum. Rondleidingen, tentoonstellingen, concerten en seminars bieden inzicht in de geschiedenis en het kloosterleven.